Ys Origin est le premier jeu Y chronologique et la seule entrée de la série où le personnage principal n’est pas Adol Christin. 700 ans avant les événements d'Ys I & II, le pays d'Ys était au bord de la destruction. Les démons sont venus en masse et ont forcé les deux déesses jumelles qui dirigeaient le pays à emmener leurs sujets loin de la surface, dans l'étreinte sécuritaire des nuages. Les démons étaient persistants, cependant, érigeant une tour massive à la poursuite. La bataille qui faisait rage sur le sol avait commencé à monter pour un deuxième round plus haut.