Les aventures continues de John Yesterday. Dans Yesterday Origins, les protagonistes principaux, John Yesterday et sa partenaire Pauline, immortels qui possèdent un magasin d’antiquités à Paris, parcourent le monde à travers différentes périodes. L'histoire se déroule à travers les époques actuelle et médiévale, à travers une série de flashbacks. Au début du jeu, un jeune John est emprisonné par l'Inquisition espagnole pour sorcellerie, juste avant la séquence d'événements qui changeront sa vie / sa vie pour toujours. Bien qu'il ne soit pas encore capable de ressusciter à ce stade de sa vie, il a déjà attiré l'attention et échoué des autorités de l'Église en raison de sa capacité inhabituelle à comprendre et à parler toutes les langues qu'il rencontre.