Un prequel de l'original Yakuza se déroulant en 1988, avec un jeune Kazuma Kiryu et Goro Majima en tant que protagonistes jouables. L’histoire suit Kazuma Kiryu en tant que membre junior de yakuza qui se trouve dans une situation très embarrassante lorsqu’un simple recouvrement de créances se renverse et que sa marque finit par être assassinée. Pendant ce temps, Goro Majima mène une vie "normale" en tant que propriétaire d'un club de cabaret, mais fait tout ce qu'il faut pour rejoindre le yakuza. Ce que cela implique n'est pas vraiment facile.