Les extraterrestres ont gagné et les restes de XCOM doivent frapper pour reprendre la Terre dans cette suite du redémarrage de Firaxis en 2012. La terre a changé. Vingt ans se sont écoulés depuis que les dirigeants mondiaux ont offert une reddition inconditionnelle aux forces étrangères. XCOM, la dernière ligne de défense de la planète, a été laissé décimé et dispersé. Maintenant, dans XCOM 2, les extraterrestres gouvernent la Terre, construisant des villes brillantes qui promettent à la surface un brillant avenir pour l’humanité, tout en dissimulant un ordre du jour sinistre et en éliminant tous ceux qui s’opposent à leur nouvel ordre. Seuls ceux qui vivent aux confins du monde ont une marge de liberté. Ici, une force se rassemble une fois de plus pour défendre l'humanité. Toujours en fuite et confrontés à des obstacles impossibles, les forces restantes de XCOM doivent trouver le moyen de déclencher une résistance globale et d'éliminer la menace étrangère une fois pour toutes.