Sonic a disparu et le Dr. Eggman est enfin sur le point de conquérir le monde avec son armée de robots! Les alliés de Sonic peuvent-ils, avec l'aide d'une mystérieuse recrue, retrouver le hérisson et sauver le monde une fois de plus? Dans la plus grande victoire d'Eggman à ce jour, le docteur pervers a conquis une grande partie du monde avec un nouveau pouvoir mystérieux. Une résistance composée d'amis de Sonic est formée pour riposter, et au milieu du chaos et de la destruction, un héros improbable se lèvera pour aider Sonic, moderne et classique, à conquérir le monde. Même ces trois héros ont peut-être du pain sur la planche, car le Dr Eggman a lui aussi un nouvel allié ...