Une suite se déroulant dans le même univers que Shin Megami Tensei IV qui suit un nouveau protagoniste, un jeune homme possédé par un démon nommé Dagda. L'histoire de Shin Megami Tensei IV: Apocalypse décrit les vestiges de Tokyo, ravagés par une catastrophe. Les démons et les êtres humains coexistent, mais dans cet état, les vestiges de l'humanité ne sont qu'un prix que se disputent les divinités supérieures. Un chasseur solitaire, le protagoniste du jeu, fait face à une disparition précoce et est ramené à la vie grâce à un pacte conclu avec un dieu moindre, en échange de son engagement de servitude. À partir de là, le protagoniste s’allie avec d’autres Chasseurs dans les ruines de Tokyo post-apocalyptique, en commençant un complot qui recoupe les événements du premier Shin Megami Tensei IV.