Plusieurs années après la catastrophe de Black Mesa, Gordon Freeman se réveille de la stase pour aider un mouvement de résistance contre le Combine, un groupe d’étrangers trans-dimensionnels qui ont conquis la Terre. Le suivi de Half-Life continue l'action intense et la narration immersive de l'original et ajoute plus de réalisme et de réactivité. Une fois encore, vous jouez le rôle du chercheur Gordon Freeman, qui se retrouve sur une Terre infestée d’étrangers en train d’être détruit à la loupe, ses ressources épuisées et sa population décroissante. Avec votre fidèle pied de biche et diverses autres armes à votre disposition, Freeman doit sauver le monde des torts qu'il a provoqués à Black Mesa.