Electroplankton est moins un jeu avec des objectifs définis que plus un dispositif de forme libre et générateur de musique. En utilisant le stylet et souvent les boutons faciaux, le joueur interagit avec dix espèces différentes de plancton. Chaque espèce réagit différemment aux stimuli, ce qui donne des sons et des combinaisons musicales uniques. Electroplankton est un jeu "d'art multimédia touchable" qui présente au joueur une "musique apaisante" et des graphiques sur les deux écrans de la DS. Le jeu propose 10 "planchettes numériques" qui répondent aux joueurs lorsqu'ils touchent l'écran ou utilisent le microphone. Les planctons réagissent en faisant des gestes et des sons. Le jeu tire davantage parti du microphone de la DS en enregistrant et en reproduisant des sons et des voix sous forme de mélodies.